يمتد الوجود البشري في كوبر إلى عصور موغلة في القدم، وتشهد على ذلك الكسر الفخارية التي عُثر عليها في موقع البلدة، والتي تعود إلى العصر الحديدي والفترتين الفارسية والهلنستية، ثم البيزنطية والأيوبية والمملوكية، ما يدل على استيطان متصل عبر آلاف السنين.
العهد العثماني: دخلت البلدة ضمن الدولة العثمانية عام 1517م، ووردت باسمها لأول مرة في سجل الطابو العثماني لعام 1596م، حيث سُجّلت فيها 31 أسرة مسلمة. وفي عام 1838م ذكرها الرحّالة الأمريكي إدوارد روبنسون قريةً مسلمة ضمن ناحية «بني زيد» شمال القدس، وزارها الرحّالة الفرنسي فيكتور غيران عام 1863م فقدّر سكانها بنحو 600 نسمة وذكر فيها مقاماً للشيخ أحمد. وفي مسح صندوق استكشاف فلسطين عام 1882م وُصفت بأنها «قرية صغيرة على قمة تل، وفيها قبور منحوتة في الصخر».
الانتداب البريطاني: نما عدد السكان من 447 نسمة عام 1922م إلى 610 نسمة عام 1945م، وسُجّلت مساحة أراضيها في مسح 1945م بنحو 9,768 دونماً.
الإدارة الأردنية: خضعت البلدة للإدارة الأردنية عقب حرب عام 1948م، وبلغ عدد سكانها 934 نسمة في التعداد الأردني عام 1961م.
بعد عام 1967: وقعت البلدة تحت الاحتلال الإسرائيلي في حزيران 1967م. وفي عام 1983م صودر 1,489 دونماً من أراضي كوبر والقرى المجاورة، أُقيمت على جزء منها مستوطنة عام 1985م، فيما شهدت البلدة لاحقاً إجراءات مصادرة وهدم متكررة طالت طرقها الزراعية الواصلة إلى كروم الزيتون.